对于微生物农药中微生物污染物限量的管理，国际社会中普遍认可接受准则的为OECD 65号文件（OECD ISSUE PAPER ON MICROBIAL CONTAMINAT FOR MICROBIAL PEST CONTROL PRODUCTS）。该文件在广泛借鉴美国、加拿大、欧盟以及各类国际组织制定的食品和饮用水中微生物限量准则的基础上，规定了微生物农药登记管理中需要进行筛查的微生物污染物清单及限量。
该文件规定的筛查对象主要包括人类致病菌，并不涵盖植物致病菌。致病菌依据其危害主要分为 4类：1. 严重危害；2. 中等危害且有广泛传播的潜在性；3. 中等危害且有有限传播的潜在性；4. 其他需要关注的致病菌 。4类致病菌主要涵盖的范围如下：
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类别
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名称
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1类
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1. 马耳他布鲁式菌（Brucella melitensis）、流产布鲁氏菌（Brucella abortus）、 猪布鲁氏菌（Brucella suis）和牛型分枝杆菌（Mycobacterium bovis）
2. 肉毒杆菌（Clostridium botulinum）A、B、 E 和F型
3. 伤寒沙门氏菌（Salmonella typhi），副伤寒沙门氏菌（Salmonella paratyphi ）A、B和C型，仙台沙门氏菌（Salmonella sendai ）和猪霍乱沙门氏菌（Salmonella cholera-suis ）
4. Shigella dysenteriae（痢疾杆菌）
5. Vibrio cholera（霍乱弧菌）
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2类
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1. β-溶血性链球菌 （β-hemolytic Streptococcus ） A、C and G组
2. 具有基因毒性和致病性的大肠杆菌（Escherichia coil）
3. 鼠伤寒沙门氏菌（Salmonella typhimurium）和其他沙门氏菌型
4. 弗氏志贺菌（Shigella flexneri）、鲍氏志贺菌（Shigella boydii）和索氏志贺菌（Shigella sonnei）
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3类
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1. 蜡状芽胞杆菌（Bacillus cereus）
2. 胎儿弯曲杆菌空肠亚种（Campylobacter fetus subsp. Jejuni）
3. 金黄色葡萄球菌（staphylococcus aureus）
4. 副溶血性弧菌（Vibrio parahaemolyticus）
5. 小肠结肠炎耶尔森菌（Yersinia enterocolitica）
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4类
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1. 气单胞菌属（Aeromonas ）
2. 军团菌属（Legionella）
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考虑到检测致病菌本身因为各种原因存在一定困难，在筛查试验中也可使用指示剂。指示剂可用于判断致病菌存在的可能性，生产或加工中是否存在误操作，以及是否对产品安全性或货架期构成影响等，指示剂包括评估微生物数量或活性的指示剂和评估潜在致病性的指示剂等4类。
评估微生物数量或活性的指示方法包括：好氧平板计数、厌氧平板计数、其他耐热、嗜热/冷菌的计数、直接显微镜计数、显微镜霉菌计数、酵母和霉菌计数、耐热霉菌、嗜热孢子计数等。评估潜在致病性的指示剂包括：葡萄球状菌、大肠杆菌、耐热大肠杆菌、肠球菌和绿脓杆菌，以上指示剂均有国际认可的标准检测方法。
在综合考虑满足OECD各成员国的资料要求；登记机关进行市场抽查的可行性；有合适的筛查方法；避免对申请者造成不必要的检测负担以及筛查实验室的安全性问题等多种因素后，对于非活体生产的杆状病毒类微生物，OECD 65号文件中规定的具体筛查要求如下：
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指示剂类型
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指示物
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限量
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注
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致病性
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沙门氏菌
（Salmonella）
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25g或25ml中未检出
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美国EPA和加拿大卫生部均要求筛查，有多种标准方法可用。
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单核细胞增多性李斯特菌
（Listeria monocytogenes）
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25g或25ml中未检出
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冰箱温度下也能存活，依据生产商的质量控制情况，视条件要求。
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弧菌
（Vibrio）
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25g或25ml中未检出
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美国EPA强制要求检测。
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志贺氏杆菌
（Shigella）
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25g或25ml中未检出
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美国EPA强制要求检测。
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微生物活性
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好氧平板计数
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<105CFU/g 或 ml
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好氧细菌的污染指数，有多种标准方法可用，仅针对好氧细菌要求。
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厌氧孢子计数
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<105CFU/g 或 ml
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厌氧孢子形成微生物体可在土壤和水环境中长时间存在，有多种标准方法可用，仅当生产过程中其他卫生指标不达标，且微生物为已知的微需氧微生物时要求。
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酵母和霉菌计数
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<1000CFU/g 或 ml
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有多种标准方法可用，酵母菌和霉菌的污染指数，对于部分真菌农药要求。
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人类、排泄物和环境污染
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大肠杆菌（Escherichia coli）coliforms
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1g或1ml中未检出
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排泄物污染指标，能在植物、植物和水中存活，有多种标准方法可用。
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或耐热大肠杆菌类Thermotolerant （fecal）Coliforms
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<10 CFU/g 或 ml
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金黄色酿脓葡萄球菌
（Staphylococcus aureus）
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1g或1ml中未检出
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因为不正确操作导致污染的指标，有多种标准方法可用。
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绿脓杆菌
（Pseudomonas aeruginosa）
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视情况
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环境污染物的指标，如果筛查过程中确认假单胞菌（pseudomonads）存在，建议进行筛查。
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其他检测（视具体产品要求）
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小鼠IP/SC 分析
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无试验动物传染或受伤证据
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仅当产品有极大可能性被哺乳动物致病菌污染，或有极大可能产生相关毒素且不能被其他方法排除时需要。如果在毒理和致病性试验中显示微生物母药试验结果为阴性，也不需要进行此项筛查。
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具体筛查要求也要视产品的生产工艺和质量控制情况做最后确定，我国目前还未要求微生物产品登记时进行致病菌的筛查，仅要求检测广义的杂菌率指标并提供限值。